⒈ 蟲鳥獸類棲身之處。

引南朝宋顏延之《北使洛》詩：“宮陛多巢穴，城闕生云煙。”
唐元稹《蛒蜂》詩之三：“雷蟄吞噬止，枯焚巢穴除。”
清孫枝蔚《詠物詩·虱》：“物各有巢穴，蝨獨異行藏。”

⒉ 上古先民構木為巢，穴居野處，故稱其棲息之處為“巢穴”。

引晉葛洪《抱樸子·譏惑》：“上圣悼混然之甚陋，愍巢穴之可鄙，故構棟宇以去鳥獸之羣，制禮數(shù)以異等威之品。”

⒊ 喻隱居之地。

引《后漢書·周燮傳》：“吾既不能隱處巢穴，追綺季之跡，而猶顯然不遠父母之國，斯固以滑泥揚波，同其流矣。”
宋王安石《豫章道中次韻答曾子固》：“龐公有意安巢穴，肯問簞瓢與萬鐘！”

⒋ 敵人或盜賊盤踞之地。

引明張居正《答殷石汀計剿海寇書》：“林賊既失巢穴，飄泊海上，必不能久，宜與閩中約會圖之。”
袁水拍《在一個黎明》詩：“在一個永遠忘不了的黎明，人民解放了反動派最頑強的巢穴。”

鳥獸棲息的地方。