工作經歷

2012.7- 中國科學院國家數學與交叉科學中心生物醫學部 助理研究員 2012.7- 中國科學院數學與系統科學研究院 助理研究員

主要成就

在Nature子刊、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Briefings in Bioinformatics等國際權威期刊以第一作者和通訊作者身份發表生物信息學相關領域論文18篇，第一作者14篇, 通訊作者10篇，發表論文目前共被引用302次，參編專著4部，獲得授權專利1項，曾獲國際網絡博弈論大會最佳論文獎、中科院數學院院長獎學金、博時獎學金、永安期貨獎學金、英達獎學金、第四屆世界華人數學家大會新世界數學獎、美國數學建模競賽國際一等獎等榮譽，主持或以骨干身份參與 國家自然科學基金重大研究計劃、國家自然科學基金青年基金等11項重要項目.

項目經歷

2014.01-2016.12主持國家自然科學基金青年基金《多視角識別人類復雜疾病相關microRNA的數學模型與方法研究》
　　2013.10-2014.09參加國家自然科學基金專項基金項目數學天元基金《協同藥物研發中的關鍵數學問題》
　　2013.1-2015.12參與國家自然科學基金重大研究計劃培育項目《非可控性炎癥調控網絡體內定量監視預測技術研究》 2012.7-至今參加中國科學院國家數學與交叉科學中心數學與生物醫學交叉研究部重大專項《重大慢性多發疾病的動態網絡系統構建》
　　2012.1-2013.06參與首都安全技術支撐平臺（一期）《安全生產數據挖掘與模型構建》項目
　　2010.12-2012.06主持中國科學院研究生科技創新與社會實踐資助專項科技創新類項目《藥物靶點作用預測》
　　2009.12-2010.12主持中國科學院研究生科技創新與社會實踐資助專項社會實踐類項目《北京和威海青年創業現狀分析及調研》
　　2009.06-2010.12參與北京市科技計劃項目《城市公共設施事故應急的多部門協同決策模型研究》
　　2009.06-2010.12參與北京市科委課題《首都安全生產風險評估與預測預警技術研究》的子課題《安全生產數據挖掘與模型構建研究》
　　2008.01-2012.12參與中科院知識創新工程重要方向項目《生物分子網絡中的模型與算法》

獲獎情況

Best Paper Award of the 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks, Executive Committee and Award Committee of GameNets 2014, 2014.
　　中國科學院博時獎學金特等獎，中國科學院數學與系統科學研究院，2012
　　中國科學院永安期貨獎學金優秀獎，中國科學院數學與系統科學研究院，2011
　　中科院研究生院數學科學學院2011年博士(后)學術論壇最佳報告獎，中國科學院研究生院數學科學學院，2011
　　中國科學院數學與系統科學研究院院長獎學金優秀獎，中國科學院數學與系統科學研究院，2010
　　中國科學院英達獎學金優秀獎，中國科學院數學與系統科學研究院，2010
　　2009中科張江杯青年技術創新大賽三等獎，中國科學院計算技術研究所與上海張江集團（有限）公司，2009
　　第四屆世界華人數學家大會新世界數學獎優異獎（第一次評選），世界華人數學家大會組委會，2007
　　山東大學（威海）首屆十佳大學生，山東大學（威海），2006
　　美國數學建模競賽國際一等獎（隊伍隊長），美國大學生數學建模組委會，2006
　　全國數學建模競賽國家二等獎（隊伍隊長），教育部高等教育司與中國工業與應用數學學會，2005
　　全國大學生英語競賽國家二等獎，高等學校大學外語教學指導委員會與高等學校大學外語教學研究會，2005 .

學術活動

在生物信息學相關領域發表論文18篇，第一作者14篇, 通訊作者10篇；文章分別發表在Briefings in Bioinformatics、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Scientific Reports、PLoS ONE、Molecular BioSystems、 OMICS：A Journal of Integrative Biology、Neurocomputing等多家國際權威學術期刊上.發表的文章目前共被引用302次，引起國內外相關研究人員的廣泛興趣。其中有四篇論文發表在Nature子刊上（均為第一作者兼通訊作者）。藥物靶點綜述發表在Briefings in Bioinformatics雜志 (SCI 影響因子9.617 第一作者和通訊作者)，另外發表在MolecularBioSystems雜志的藥物靶點作用預測文章被該雜志評選為Top ten most accessed articles in June和Top 10% of the mosthighly cited articles published in the latest Impact Factor window (2011-2012),目前被引用52次；發表在Nucleic Acids Research的lncRNA與疾病關聯數據庫文章目前被引用120次; 論文被評選為The 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks會議的最佳論文獎..
　　專利：一種藥物增效組合預測方法及實驗驗證. 201110210508.0 閆桂英 張立新 陳興 任彪 陳明 王令新 劉明熹 正式授權
　　擔任《2012－2013運籌學學科發展報告》編寫組成員
　　Editorial Board member：Journal of Biochemistry and Molecular Biology Research
　　Guest editor： Current Protein& Peptide Science (SCI, 影響因子2.326) Special issue onIdentifying drug–target interactions based on heterogeneous biological data (http://benthamscience.com/journal/special-issues.php?journalID=cpps)
　　Reviewer：《Scientific Reports》、《Bioinformatics》、《PLOS Computational Biology》、《European Journal of Human Genetics》、《Molecular BioSystems》、《PLoS ONE》、《BMC Bioinformatics》、《BMC Systems Biology》、《Molecular Genetics and Genomics》、《Expert Opinion On Drug Metabolism and Toxicology》、《BioMed Research International》、《Cell Proliferation》、《The Scientific World Journal》、《Neurocomputing》、《IET Systems Biology》、《Computational Biology and Chemistry》、《Theory in Biosciences》、《Acta Mathematicae Applicatae Sinica》、《Chinese Journal ofBiochemistry Molecular Biology》和國際會議International Conference on Bioinformatics 2014 (InCoB2014), The 6th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2012), The 7th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2013), The 8th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2014), The 4th Translational Bioinformatics Conference (TBC 2014).
　　擔任北京青少年科技俱樂部活動委員會學術指導導師

著作成果

Predicting lncRNA-disease associations and constructing lncRNA functional similarity network based on the information of miRNA Scientific Reports:2015,5:13186 (SCI 影響因子5.578, nature旗下,獨立作者) Drug–target interaction prediction: databases, web servers and computational models Briefings in Bioinformatics: 2015 ,In press (SCI 影響因子9.617,第一作者和通訊作者) RBMMMDA: predicting multiple types of disease-microRNA associations Scientific Reports:2015,5: 13877 (SCI 5.578, nature旗下,第一作者和通訊作者) Constructing lncRNA functional similarity network based on lncRNA-disease associations and disease semantic similarity Scientific Reports. 2015 5:11338 (SCI 5.578, nature旗下,第一作者和通訊作者) Distributed Image Understanding with Semantic Dictionary and Semantic Expansion Neurocomputing:2015,In press (SCI 2.083) Semi-supervised learning for potential human microRNA-disease associations inference Scientific Reports. 2014,4:5501 (SCI 5.078, nature旗下,被引用10次,第一作者和通訊作者) 2012－2013運籌學學科發展報告 中國運籌學會.中國科學技術出版社:,2014 ASDCD: Antifungal Synergistic Drug Combination Database PLOS ONE:2014,9(1): e86499 (SCI 3.73 第一作者). Large Scale Image Understanding with Non-convex Multi-task Learning The 2014 5th International Conference on Game Theory for Networks:2014,Best Paper Award. Novel human lncRNA-disease association inference based on lncRNA expression profiles Bioinformatics:2013,29(20),2617-2624 (SCI 5.323, 2/47 in Mathematical & Computational Biology,被引用12次,第一作者和通訊作者) A computational framework to infer human disease-associated long noncoding RNAs PLOS ONE:2014,9(1): e84408 (SCI 3.73，被引用13次). LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases Nucleic Acids Research:2013,41(Database issue),D983--D986 (SCI: 8.026, 26/289 in Biochemistry and Molecular Biology，被引用120次). Drug-Target Interaction Prediction by Random Walk on the Heterogeneous Network Molecular BioSystems:2012,8(7)1970-1978 (SCI 3.825，被引用52次 Top ten most accessed articles),in June 2012;Top 10% of the most highly cited articles published in the latest Impact Factor window (2011-2012), 第一作者). RWRMDA: predicting novel human microRNA-disease associations Molecular BioSystems:2012,8(10),1970-1978 (SCI 3.825, 被引用33次，第一作者). Prediction of disease-related interactions between microRNAs and environmental factors based on a semi-supervised classifier PLoS ONE:2012,7(8),e43425 (SCI 4.092,第一作者,被引用12次，第一作者) A novel candidate disease genes prioritization method based on module partition and rank fusion OMICS: A Journal of Integrative Biology:2010,14 (4),337-356 (SCI 3.17，被引用13次,第一作者和通訊作者). 多階段多目標多部門應急決策模型 系統工程理論與實踐:2010,30(11),1977-1985 (EI 0.896，被引用23次,第一作者和通訊作者). NRWRH for drug target prediction The 4th International conference on computational Systems Biology:2010,13,219-226 (ISTP, 第一作者和通訊作者). Modularized random walk with restart for candidate disease genes prioritization Optimization and Systems Biology:2009,11,353-360 (ISTP, 第一作者和通訊作者).